某日，一群使用風遁之術(shù)的空忍空襲火之國，無數(shù)民眾和忍者遇害，形勢危急。據(jù)綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰(zhàn)中落敗的空之團，如今他們懷著復(fù)仇之心再次出現(xiàn)。卡卡西（井上和彥 配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內(nèi)順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫(yī)療小隊，協(xié)助名醫(yī)神農(nóng)（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家鄉(xiāng)醫(yī)治傷者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神農(nóng)的再生之術(shù)業(yè)已完成，他命佐助（杉山紀彰 配音）前去尋找神農(nóng)。這也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢……