夏日的一天，紅發(fā)女孩瑪麗（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的鄉(xiāng)間小屋度假。初來(lái)乍到，瑪麗對(duì)周遭的一切還不那么適應(yīng)，特別是調(diào)皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她對(duì)著干，令瑪麗實(shí)在高興不起來(lái)。偶然一次的林間探險(xiǎn)，瑪麗見到了傳說(shuō)中的魔法之花“夜間飛行”，還找到了一柄破掃帚。偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空，來(lái)到了專門培養(yǎng)魔法師的恩德學(xué)園。在這個(gè)神奇的所在，瑪麗受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤接待，還邂逅了怪模怪樣的D博士（小日向文世 配音）。雖然女孩懵懵懂懂成為了魔法學(xué)員，可是他很快發(fā)現(xiàn)了這里所隱藏的秘密……