圣誕之夜，卡森共和國水企業(yè)和哈里曼達拉公司簽訂協(xié)議的大廈門外，無數(shù)群眾聲討抗議。而就在此時，擔任護衛(wèi)的警察機動部隊突然掏槍對示威群眾展開無差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現(xiàn)。在與不明敵人對決過程中，草薙素子（坂本真綾 配音）和獨立機動部隊的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛衣 配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進行恐怖活動的事實。公安9課課長荒卷大輔（塾一久 配音）拒絕將其交給陸軍情報部穗積上校（慶長佑香 配音），而是命令草薙將艾瑪護送至501機關(guān)接受調(diào)查。草薙在少女身上不僅發(fā)現(xiàn)兩個靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……